菌株又称品系，表示任何由一个独立分离的单细胞（或单个病毒粒子）繁殖而成的纯种群体及其后代。因此，一种微生物的每一个不同来源的纯培养物均可称为该菌种的一个菌株。根据菌株的定义，菌株实际上是某一微生物达到“遗传性纯”的标志，一旦菌株发生变异，均应标上新的菌株名称。当进行菌种保藏、筛选或科学研究时，在进行学术交流或发表论文时，在利用菌种进行生产时，都必须同时标明该菌种及菌株名称。 1、新引进的菌种经形态、染色、培养性状、生化特性等的鉴别确定后作记录，并进行保存。
2、长期保存的储存菌株以冷冻干燥保藏为主，特殊要求的菌种可用其它方法进行保存，保存期可长达几年至几十年。
3、半储存菌株以含20%甘油的肉汤或液体石腊封存的半固体琼脂为主，在0℃以下保存，保存期为3－6个月。
4、应用菌株以琼脂斜面为主，在4℃保存，保存期为1－3个月。
5、菌种的传代不可超过6次。视菌种的特性及使用情况，一般储存菌株每5年传记代一次，每1-2年从储存菌株转接至半储存菌株，半储存菌株每3-6个月传代一次，每1-3个月从半储存菌株转接接至应用菌株。
6、每次检验用的菌株必须是从应用菌株转接的新鲜菌株。每支应用菌株用两次后必须销毁（121℃，0.1MPa高压**处理15分钟以上）。
7、各级保存的菌株应有明确的编号、名称、传代数、日期等到标识。
8、菌种的收发、保存、使用、传代等应及时认真详细地登记，以备查核。
9、在保存过程中，如发生污染退化等问题，应及时报告，以便处理。
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